ひょっとしたら、QDBM(組み込み用データベース)でzlib(データ圧縮ライブラリ)が有効になっていないかもしれません。
Hyper Estraierでのインデックスサイズが思ったより膨らんでいるなぁ、と感じていたら、
QDBMをインストールする際には、zlibを有効化（./configure --enable-zlib）しておくことをお薦めします。その方がHyper Estraierの作るインデックスが小さくなります。QDBMの1.8.74以前のバージョンはサポートされませんので注意してください。
http://hyperestraier.sourceforge.net/intro-ja.html
と、こんな記述を見つけた。
というわけで、インデックスサイズを気にする場合、QDBMをインストールするときは、zlibのライブラリをインストールした上で、
$ ./configure --enable-zlib $ make $ sudo make install
という感じで、zlibを有効にしてQDBMをインストールしちゃった方がいいかも。
